В Superdimension Neptune VS Sega Hard Girls вы окунётесь в удивительный мир, где персонажи из серии Hyperdimension Neptunia встречаются с антропоморфными консолями компании SEGA — Sega Hard Girls. В этой игре вы играете за Айфи, маскота компании Idea Factory, которая стала главной героиней после того, как Нептуна превратилась в мотоцикл. Вам предстоит отправиться в Великую Библиотеку, где хранятся знания, способные изменить историю мира.

Вам предстоит путешествовать по разным эпохам, таким как Mega Drive Era, Sega Saturn Era, Game Gear Era и Dreamcast Era. Во время этого приключения вы познакомитесь с Sega Hatsumi, Sega Saturn, Dream Cast, Mega Drive и Game Gear — девушками-консолями, которые помогут вам в борьбе со злом. Конечно, не обойдётся и без знакомых лиц из серии Hyperdimension Neptunia — Нептуны, Плутии, Удзуме, Непгир и других.